1、羊水细胞学检查：当母亲羊水过多，或超声检查高度怀疑胎儿有高位梗阻时，可行羊膜腔穿刺羊水细胞学检查，确定是否合并有染色体畸形存在。
2、Farber试验：用1%温盐水或1%过氧化氢液灌肠，无大量胎便排出，可排除胎粪性便秘及先天性巨结肠。胎便检查无胎毛及角化上皮，说明胎粪内不含羊水内容物，胎儿期已产生肠闭锁。
3、腹部X线检查：立位腹部平片或碘造影检查十二指肠闭锁可显示胃和十二指肠第一段内有扩大气液平面，即典型的“双泡征”，整个腹部其他地方无气体。
4、B超检查：除可以作临床诊断外，还可以用于产前检查，特别是线阵型实时超声扫描检查可显示十二指肠闭锁胎儿腹内两个典型的液区，提示本病的诊断，供生后正确诊断和有准备地进行治疗的参考。
5、肛门指检：该检查可以排除有无肛门闭锁。