根管治疗的并发症包括：
第一、是急性炎症反应，在根管充填后，会有少数患者出现局部肿胀、痒和自发痛的症状。一般如果拍片没有超填或者欠填的情况，就是服用消炎药观察。如果超填或者是欠填，建议重新做根管治疗；
第二、就是器械分离，这主要是由于在治疗中器械操作不当，器械发生分离，也可以引起根管穿孔、根管折裂，甚至最坏的结局是拔牙。一般处理是在显微镜下，取出折断的器械或者形成旁路，实在不行还可以进行外科手术治疗，必要的时候就是拔除患牙；
第三、就是髓腔穿孔；第四、就是软组织的化学损伤；第五、就是残髓炎；
第四、就是牙根折断。其它还有一些牙周组织引起的吸收，器械的误吞、误咽，还有一些是使用药物引起的。