急性肾盂肾炎主要是一般治疗和药物治疗，有尿路畸形患者手术治疗，根据病情严重程度选择合适的治疗方案。一般进行抗生素治疗7~14天为一个疗程，短期治疗即可。
一、一般治疗
应鼓励患者多饮水，勤排尿，维持每日尿量达1.5L以上，以降低髓质渗透压，提高机体吞噬细胞的功能，并冲洗掉膀胱内的细菌。有发热等全身感染症状应卧床休息。可服用碳酸氢钠碱化尿液，以减轻膀胱刺激症状。
二、药物治疗
在培养和敏感性实验结果出来以前，以广谱抗生素治疗为主。感染严重有败血症者宜静脉给药，最好根据尿细菌培养结果选用敏感药物。
1、磺胺甲恶唑：对除铜绿假单胞菌外的革兰阳性及阴性菌有效。疗程7～14天。治疗72小时后需根据治疗效果评估是否续用。
2、喹诺酮类药物：抗菌谱广、作用强、毒性少，除不宜用于儿童及孕妇外，临床已广泛应用。
3、头孢类药物：第一、二代头孢菌素可用于产酶葡萄球菌感染。第二、三代头孢菌素对严重革兰阴性杆菌感染作用显著，与氨基糖苷类合用有协同作用。哌拉西林、头孢哌酮、头孢他啶、阿米卡星、妥布霉素等对铜绿假单胞菌及其他假单胞菌等感染有效。
4、去甲万古霉素：适用于耐甲氧西林的葡萄球菌、多重耐药的肠球菌感染及对青霉素过敏病人的革兰阳性球菌感染。适用于难治性院内感染及免疫缺陷者的肾盂肾炎。
5、亚胺培南：抗菌谱广，对革兰阴性杆菌杀菌活性好。适用于难治性院内感染及免疫缺陷者的肾盂肾炎。
三、手术治疗
对于尿路畸形患者首选手术治疗，尿路畸形包括尿道瓣膜、尿道憩室等。
1、膜切除术：适于尿道瓣膜患者，先经过引流尿液、控制感染、纠正水电解质失衡，待感染控制，一般情况改善后可行尿道瓣膜切除术，现在多数病例可通过尿道镜行腔内手术瓣膜切除。继发的膀胱输尿管反流可随访，必要时行抗反流的输尿管再植手术。
2、经尿道行憩室切开手术：常用于尿道憩室者，通过切除憩室还原正常尿道解剖结构。