脸部扁平疣的根治方法，如下：
第一、如果数量不多，采取局部的物理治疗，比如激光、冷冻等，将所有的扁平疣皮损都清除干净，基本上可以做到根治。
第二、如果是数目比较多，可以配合外用的抗病毒，提高免疫的药物，比如干扰素凝胶、咪喹莫特霜等。经过一段时间之后，也有助于扁平疣的根治。
第三、可以考虑系统性使用免疫调节的药物，比如左旋咪唑、转移因子、胸腺肽等等，通过刺激机体的细胞免疫，能够帮助排斥和清除体表的人乳头瘤病毒，这样也能使扁平疣得到根治。
第四、比较顽固的扁平疣，可以考虑做自身疣体埋植术，对于顽固的扁平疣也有根治的效果，可以尝试使用。