治疗肾囊肿一般没有特效药，因为目前为止还没有任何一种药物可以让肾囊肿消失，所以临床上肾囊肿的治疗往往也不会单纯的使用药物来进行治疗。一般来说，肾囊肿如果体积比较小，没有特殊临床症状，可能进行定期的复查就可以。
如果囊肿体积比较大，比如直径＞4cm，而且出现腰痛等一系列的临床症状，可能就需要进行积极的手术治疗，单纯的使用药物治疗效果不明显。目前进行手术治疗主要是通过腹腔镜下进行肾囊肿去顶减压手术，这种手术对病人的损伤比较小，术后恢复也比较快。一般来说，并发症也是比较小，肾囊肿的病人预后也是比较良好。