肛门部的疼痛是肛肠科很主要的症状，很多因素会引起肛门疼痛。就疼痛分类而言，有外伤、创伤引起的疼痛，有感染炎症引起的疼痛，有肌肉痉挛引起的疼痛。一般的疼痛分为三类，具体的疾病而言，最常见的疼痛是肛门裂，由于肛门狭窄引起的肛管的破裂而出现疼痛，这是最常见的。然后是肛周感染性疾病，比如肛瘘、肛周脓肿、肛窦炎也会引起疼痛。还有痔的一些水肿、发炎也引起疼痛。少见的有一些肿瘤也会引起疼痛，这是最主要的疼痛分类和原因。