传染性软疣在临床上治疗非常简单，多采用挤疣疗法，用眼科镊子把软疣小体去除，再涂点抗菌药物，还可采用冷冻方法、刮疣的方法。如中国传统医学用火针的方法，清除软疣小体，容易治好。配合外用药，如维甲酸乳膏，甚至中药制剂，免疫调节剂，均可治疗。