1、体格检查：视诊、触诊可见皮肤表面的半球形或卵圆形隆起结节样改变，呈正常肤色、棕褐色或黑色，单发或多发，多发者直径大小不一，数厘米或数毫米间或有之，结节中央或有毛发，触之无明显压痛，质软有弹性。
2、皮肤镜检查：即皮表透光显微镜检查，对于皮肤增生类或肿瘤性皮肤病有重要的诊断意义，可以检查皮脂腺、汗腺、毛囊、真皮细胞等的情况，镜下可见皮内痣通常为淡褐色的均质模式，偶尔为球状模式，有色素减退或无色素色痣，当用皮肤镜头轻微按压皮疹时，色痣会出现滚动，可用于鉴别基底细胞癌和皮内痣。
3、病理组织学检查：一般情况下，皮内痣无须做病理组织学检查，但当其与其他疾病无法鉴别时，可行此法以明确诊断。皮内痣镜下显示可见含有褐色的黑色素颗粒的痣细胞，其颜色的深度按色素的多少而定，形状多为类似表皮细胞的多角形或卵圆形细胞，往往密集成群或排列成纵行，细胞质的染色不深，细胞内有一个卵圆形细胞核；皮内痣的痣细胞都在真皮内，痣细胞巢外围有胶原纤维束，没有炎性反应，但真皮上部有若干黑色素，有的皮内痣有角化过度和乳头瘤性增生，皮内痣和脂肪瘤样痣混合存在时可见散在的大脂肪细胞，真皮下部可含梭形痣细胞。