基质性角膜炎患者有怕光、流泪、眼痛、异物感等症状和视力减退。随着基质性角膜炎的进展，还可并发脉络膜视网膜炎等疾病。
眼睑常处于痉挛状态，难以自行睁开。眼部水样分泌物，结膜充血、水肿，眼部异物感、烧灼感。角膜混浊一般从边缘部开始，逐渐向角膜中央扩展。位于角膜基质深层的非化脓性炎症，主要表现为角膜基质水肿、淋巴细胞浸润，常有深层血管形成。炎症高潮时角膜因肿胀而变得很厚，但不形成溃疡。