肠胃炎引起的发烧一般是细菌感染，比如沙门氏菌、金黄色葡萄球菌或者大肠埃希氏菌引起的。病毒性的感染，比如轮状病毒或诺瓦克病毒很少引起发烧。
细菌感染引起的，在初始阶段给予广谱的经验性抗生素治疗，常用的有头孢类或者喹诺酮类的药物。老人和孩子需要注意用量以及禁忌症，然后进行呕吐或腹泻物，病原学和药敏的检测，2-3天后根据药物敏感试验报告再调整方案。
如果体温比较高，超过38.5℃，除了抗生素治疗，还需要退烧处理，积极的补液，补充糖分，营养支持，以及后期肠道菌群的调整也很重要。