脑梗依据病因不同以及时间不同，所选取的药物是不一样的，在脑梗症状发生最初的4.5小时之内，可以选择阿替普酶来进行静脉溶栓，大约30%的患者可以达到再通，即症状的改善，超过这个时间窗就不能再使用静脉溶栓药物，不然会增加出血的风险。如果是常规的动脉粥样硬化性，最常见的脑梗需要使用抗血小板类的药物，比如阿司匹林或者氯吡格雷，要使用他汀类的降脂的药物，要使用积极控制危险因素的药物，比如高血压要使用降压药物，高血糖要使用降糖药物或者胰岛素。
如果合并有同型半胱氨酸的升高，还要使用维生素类的药物来控制同型半胱氨酸。同时也会应用改善神经功能的药物，比如一些中药有活血的作用，还有一些西药能改善脑代谢、促进侧支循环，在急性期使用有很好的效果。如果患者存在大血管的狭窄，要注意血压的控制，避免引起血压降低之后血不能流过去，导致脑梗的加重，还有其他脑梗的病因，比如血液成分的异常，这个时候就要解决疾病的原因，解决血液病的问题。如果是心源性的因素，要使用一些抗凝的药物，所以还是针对于病因来进行脑梗的规范化治疗。