甲亢药物治疗的主要副作用，有以下三个方面：
第一个，骨髓抑制作用，骨造血抑制后往往主要是导致粒细胞减少，以及血小板减少，部分同时还伴有贫血，严重的可以出现再生障碍性贫血，或者是全血细胞减少，甚至削弱免疫力导致感染。
第二个，药物对肝脏的肝毒性，甲亢的药物一般对肝脏会有损伤，尤其是丙硫氧嘧啶。所以这种肝毒性在甲亢治疗初期和甲亢疾病本身，作为一种自身免疫性疾病，可以共同破坏肝脏，导致自身免疫性的肝损和药物性的肝受损。一般要同时防治这种情况的发生，和抗甲亢的药治疗的同时加用护肝的药。
第三个，药物过敏，甲亢患者处在疾病高峰期的时候，机体的自身免疫功能紊乱，非常容易过敏，加上对外界食物和这些甲亢治疗的药物，都可以共同作用，导致过敏。药物的皮疹、严重的过敏可以出现剥脱性皮炎，甚至危及生命。所以甲亢的患者一旦出现了轻度过敏，要及时抗过敏的药物同时治疗，如果严重过敏，要停药或者是换药。