先天性唇腭裂的病因，目前还不是特别明确，一般认为与遗传因素和环境因素有关系，遗传因素表现在唇腭裂，一般会有明显的家族聚集性，就是腭裂的患者，在他的直系亲属或者是旁系亲属中也会看到有类似畸形的发生。人们认为唇腭裂是一个多基因遗传病，环境因素，主要是胚胎生长的环境，孕妈妈在孕早期接触到一些有害的环境物质，使母体受到侵袭和干扰，从而影响中胚叶的发育造成唇腭裂。