眼表疾病患者的治疗主要是通过针对病因进行病因、对症治疗、以及应用药物减轻炎症，手术治疗，治疗周期主要是根据具体的病因以及患者临床表现而定。
一、药物治疗
1、如角膜缘干细胞缺乏是局限性的，尽量避免用毒性强的眼药，要用不含防腐剂的糖皮质激素眼药、角膜润滑剂或戴绷带式接触镜，同时清除侵入角膜的结膜上皮及施行羊膜移植术。
2、对弥漫性角膜缘干细胞缺乏，病变限于角膜浅层，可行羊膜移植联合异体角膜缘板层移植，并应用环孢素Ａ抑制排斥反应或行羊膜移植联合自体角膜缘移植。
二、手术治疗
1、如果角膜缘干细胞严重缺乏，且病变较深，应行羊膜移植手术恢复角膜缘周围的基质环境，然后行异体角膜缘移植联合板层角膜移植。羊膜移植目的在于恢复角膜缘基质微环境，角膜缘干细胞移植目的在于提供足够的角膜缘干细胞数量。
2、在进行眼表重建手术时，应首先切除坏死或炎症明显的病变组织，尽可能保留残存的正常上皮细胞。充分缝合固定羊膜于表层巩膜上是手术成功的关键。另外，患眼的干眼症及其严重程度也将影响手术的成功率。因此，术前，术后治疗干眼症和保持泪膜稳定是眼表手术成功的重要步骤。
三、其他治疗
1、眼睑卫生：包括去除睑缘的结痂，碎屑和睑缘上的附着细菌。热敷和眼睑按摩常用于睑缘炎疾病，有益于机械性疏通睑板腺。
2、治疗性接触镜：治疗性接触镜(TCL)可用于严重的干眼病和持续性上皮缺损。作用机制包括眼睑-泪液-眼球相互作用，使纤维蛋白基质保留在损伤的角膜的表面，以及在硬性透镜下保留泪液。水性泪液缺乏时，应避免使用水凝胶治疗性接触镜，因为感染的风险很高。在非常干燥的眼睛中，柔软或硅氧烷水凝胶治疗性接触镜疗效不佳，因为它们会收紧和减少氧气透过，而硬性透气性巩膜治疗性接触镜覆盖角膜和大部分结膜，这可以防止过度的泪液蒸发并保护眼表面不受眼睑异常的影响。