支气管内膜结核是肺结核的一种类型，一般在正规抗结核的基础上，大部分患者在6-12个月能够完全治愈。如果不规律用药产生耐药肺结核，甚至出现广泛耐药肺结核，治疗的时间就会延长，可以达到20个月，甚至更久的时间。一旦出现耐药肺结核，支气管内膜结核容易形成肺不张，甚至肺部毁损，所以治疗肺结核的原则是早期、规律、全程、适量、联合，整个治疗方案分强化和巩固两个阶段。
早期就是对所有检出的和确诊的患者，立即给予抗结核治疗，有利于迅速恢复早期的杀菌作用。规律就是严格遵照医嘱要求规律用药，不漏服、不停服，以免产生耐药性。全程就是要保证完全的治疗时间，6-12个月。适量就是严格按照药物剂量来用药，药物剂量低达不到治疗效果，药物剂量过大容易产生副作用。联合就是采取3-4种抗结核药物同时治疗，这样效果最好。