一般结肠镜的检查十多分钟就可以完成，但是不同的人也存在一定的差异，应根据不同患者的病情情况、对肠镜的耐受程度来决定做肠镜检查的时间。
如果患者的乙状结肠过于冗长，或者既往有手术的病史，存在肠粘连情况，相对而言进镜就会有些困难，所以检查时间就会延长。有些患者甚至需要半个小时左右才能够结束检查。在结肠镜检查的时候，如果发现病变，比如结肠息肉或结肠肿瘤，需要进行活检，相对而言检查的时间也会进一步的延长。所以总体而言，结肠镜的检查时间十多分钟就能完成，但是个别病人的时间可能会相对的延长，甚至需要半小时或一小时左右。
患者应注意肠镜检查前一天禁烟、酒，检查前两天进食容易消化的半流质饮食如稀饭、面条，禁食含粗纤维类食物，检查前一天可进食米汤、牛奶、豆浆等流质饮食，检查当天禁食。