非淋菌性尿道炎的症状较淋菌性尿道炎的症状轻，且不明显，非淋菌尿道炎发病病程相对较长，治疗时间长，症状有尿疼，尿频，尿道刺痛、痒，尿道会阴部不适，尿道外口轻微红肿，有少量的分泌物，有些发现内裤上有散在污垢斑点或片。有些是在清晨起床第一次排尿时发现尿道外口有少量稀薄的分泌物，或是脓性的分泌物，量比较少。一般多有不洁性生活，可通过性生活传染。