对于急性或者初发肛裂有自愈的可能，这种肛裂应以非手术治疗为主，大多数患者在数周之内可以痊愈。对于保守治疗无效、经久不愈，且症状严重的患者，可以考虑手术治疗。
急性肛裂的非手术治疗安全，副作用比较少，通常作为一线治疗方法，比如坐浴、服用润肠通便药，还可以联合局部麻醉剂等。早期轻症的肛裂患者，可以适当增加膳食纤维和水的摄入，改善便秘的情况，养成良好的排便习惯，可以用1:5000浓度的高锰酸钾溶液坐浴治疗，起到杀菌、清洁肛门处皮肤的作用，还可以松弛肛门括约肌，有利于裂口的愈合。对于疼痛剧烈的患者，可以使用局部镇痛药，如利多卡因乳膏等，可以减轻疼痛的症状。如果药物保守治疗无效的患者，可以采用手术治疗，手术治疗主要有肛裂切除术和内括约肌部分切断术。