萎缩性胃炎伴肠化生，一定要进行合理、规律的治疗，以及定期随访。萎缩性胃炎伴肠上皮发生，常常可能导致胃癌的发生，应明确萎缩性胃炎伴肠化是否有幽门螺杆菌感染，如果有幽门螺杆菌感染，在根除以后部分肠上皮化生可以得到逆转。
对于萎缩性胃炎伴肠上皮化生，常常建议病人每年服用胃复春、摩罗丹、养胃颗粒3-6个月，而且每年要复查一次胃镜。如果发现萎缩性胃炎伴肠化，且伴重度不典型增生，则要在内镜下进行剥离，以达到临床治愈，所以一定要注意随访。