圆锥角膜病因和发病机制尚不清楚。危险因素包括种族因素、全身疾病和生理因素(如妊娠、结缔组织病等)、眼部局部因素(如用眼不卫生、长期揉眼睛、眼睑松弛综合征)等，还可能与遗传因素等有关。
1、遗传因素：本病发病与遗传因素有关，但遗传背景和遗传方式复杂，圆锥角膜及角膜营养不良的相关基因在圆锥角膜的发病有相关性，但目前仍存在一定的争议。
2、种族因素：如亚洲人和阿拉伯人的发病几率和发病的急缓存在一定的差异。
3、全身疾病和生理状态因素：如幼儿期患唐氏综合征的患者、结缔组织病的患者以及妊娠期的妇女在发病率方面略高于常人。
4、眼部局部因素：用眼不卫生，如长期注视电脑电视屏幕等，长期用不干净的手揉擦眼睛，过敏性结膜炎患者以及眼睑松弛综合征患者的发病率异于常人。