首先最基本的治疗应当尽量适当隔绝外境环境，避免感染，尤其是肺部感染，免疫缺陷的患者无法抵御外界病原菌的入侵，可以适当使用抗感染的药物，以预防感染的发生；然后可以使用免疫抑制剂类药物，比如丙种球蛋白，输入白细胞、免疫血清、细胞因子等血液制品或者生物制剂；同时积极治疗原发疾病，可使用造血干细胞、胸腺移植、骨髓移植等方式；最后还可以使用基因治疗。