低位肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗的原则为准确寻找和处理好内口，清除全部瘘道，合理处理好肛门括约肌，创口引流通畅。
一、一般治疗
改善饮食以及排便习惯，避免辛辣刺激性食物以及饮酒，注意肛门局部的清洁与消毒，可用高锰酸钾溶液坐浴。
二、药物治疗
1、西医疗法：急性期肛瘘的治疗可酌情选用抗生素，如庆大霉素、卡那霉素、青霉素、甲硝唑等。若取脓液作病原菌培养加药敏试验，选用敏感抗生素则疗效会更好。
2、中医药疗法：湿热型代表方剂为二妙散合五味消毒饮；虚中夹实型代表方剂为透脓散。
三、手术治疗
1、瘘管切开术：用于治疗低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘。自外口探入探针，内口穿出，切开瘘管上方的组织，包括瘘管壁外的皮肤、皮下组织、纤维性管壁和外括约肌皮下部，切开后用刮匙清除管道内肉芽组织。与瘘管切除术比较，瘘管切开术手术后愈合时间短，复发率相似。射频瘘管切开术比传统的瘘管切开术手术时间短、出血量少、住院时间短。
2、肛瘘切除术：用于治疗低位单纯性肛瘘。自外口探入探针，内口穿出，切除瘘管以及瘘管周围瘢痕组织。先沿外口作环形切开，距外口边缘的半径约0.5cm。切开皮肤和皮下组织后，紧贴瘘管的条索样管道向内口方向将其剔出。
四、其他治疗
挂线疗法是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛门3 ~ 5cm，有内外口的低位或高位单纯性肛痿，或作为复杂性肛痿切开、切除的辅助治疗，最大优点是不会造成严重肛门失禁。