肛瘘保守治疗可以静脉滴注头孢类抗菌素和甲硝唑注射液，如果肛瘘要是合并感染，瘘口周围红肿可静脉使用该两种消炎药，日2次静滴，疗程为5天到一周，直至红肿消退。如果肛周瘘道口反复流脓水，可以口服头孢类抗菌素及甲硝唑，但是肛瘘最好还是进行手术治疗，因为肛瘘有1%癌变率，尽早行手术治疗可以避免癌变，住院时间一般为21天。