大多数淋巴结结核在早期及时进行规律治疗后，预后良好，多数患者可彻底痊愈。但是晚期才去就诊或者多发性淋巴结受累的患者预后较差，容易复发。抗结核化学治疗是治疗淋巴结结核的最主要措施，临床上通常联合应用数种抗结核药物以起到更好的效果。
治疗疗程分为强化期和巩固期两个阶段，强化期主要为杀菌阶段，一般是在开始治疗的前2-3个月，联合应用4-5种抗结核药物，短时间内杀灭大量繁殖活跃的敏感菌，减少耐药菌的产生。巩固期是在强化治疗期后4-6个月，继续消灭残留的结核菌并减少和避免复发。如果经药物治疗没有产生明显效果，或形成窦道并反复发作的患者，医生可能会建议进行相应区域的淋巴结清扫术。