引起龟头包皮炎的原因有多种，可以分为感染性因素、过敏性因素，以及免疫性因素等，还有不明原因导致的。其中感染性因素最为常见，包括各种细菌、真菌等病原微生物感染，常见的细菌包括金黄色葡萄球菌、溶血性葡萄球菌等，真菌以白色念珠菌等表皮癣菌多见，淋球菌也可以导致淋球菌性龟头炎。过敏性因素当中包括各种外用药过敏和全身用药的过敏反应，免疫性因素当中，它可以导致特异性的包皮龟头炎，如干燥性龟头炎等，还有部分龟头包皮炎病因尚未完全明确。