对于睾丸炎、附睾炎，根据病程的长短可以分为急性期和慢性期，不同时期的治疗方法有区别，口服的药物也有区别。
急性期的睾丸炎、附睾炎主要为细菌等微生物急性感染所致，所以可以口服抗生素治疗，比如头孢类抗生素，如左氧氟沙星、克拉霉素等。慢性睾丸炎、附睾炎常常为急性睾丸炎、附睾炎失治、误治转变而来。
此时感染症状不重，可以口服活血化瘀、理气止痛的中药或中成药治疗，常用的中成药有橘核丸、活血止痛胶囊等。对于病毒性睾丸炎，如腮腺炎病毒引起的睾丸炎，常常有一个自然病程，不需要服用特殊的药物。