急性肾盂肾炎复发率不足10%。复发的急性肾盂肾炎往往是复杂性肾盂肾炎，身体存在诱发因素和易感因素，如患有泌尿系结石和前列腺增生导致的尿路的梗阻，先天性膀胱输尿管反流，全身慢性病造成身体抵抗力低下，神经源性膀胱，妊娠和医源性的导尿和留置导尿，以及多囊肾，肾盂和输尿管畸形引起泌尿系统的结构异常等。复发是指经过治疗后症状消失，尿检转阴后的6周内再次出现同一种细菌感染导致菌尿出现。