正常情况下，腘窝囊肿需要挂骨科或者手足外科，有时也可以去普外科就诊。如果患者是在夜间或者节假日去医院看病，需要就诊于急诊科。如果腘窝囊肿较小，不用过于担心，因为是一种良性肿物，其内为囊性液体，可以定期观察，必要时可以行局部穿刺再进行加压包扎。
但是有少部分腘窝囊肿较大时会影响的活动，就需要完善相关检查行囊肿切除，后期再进行规律的换药。在治疗期间，患者不能饮用含有酒精的饮品，不要吃过于辛辣的食物，都会影响创面的愈合，可适当摄入富含维生素的水果和新鲜的绿色蔬菜，以促进愈合。