在大多数生理情况下卵圆孔未闭不会出现症状，只有在剧烈咳嗽、剧烈运动、潜水时可能出现偏头痛、头晕、呼吸困难或肢体无力等，随着诱因的解除，上述症状多可自行缓解。如果持续不缓解，有发生脑卒中危险。
卵圆孔是人体胚胎时期就存在的心脏结构，婴儿出生后应当功能性闭合，一岁内永久闭合，如果未闭合就是卵圆孔未闭。在生理状态下，不会导致血液异常分流或分流量少，所以患者不会出现症状，也不影响生长发育，只有当剧烈运动等原因使右心房压力超过左心房时，卵圆孔未闭才会出现明显的右向左血液分流，才会出现临床症状。