小儿慢性粒细胞白血病的治疗，首选酪氨酸激酶抑制剂(TKI)口服，效果不佳或不能耐受者可考虑异基因造血干细胞移植，一般需要长期间歇治疗。
一、药物治疗
1、靶向药物：甲磺酸伊马替尼是第一个分子靶向药，它是2-苯氨嘧啶的衍生物，竞争性占据BCR-ABL酪氨酸激酶的ATP结合位点，从而阻止酪氮酸激酶活化。在慢性期、加速期及急变期CML的患者，使用伊马替尼后可以有95%、60%及30%的血液缓解，有60%、24%及16%的染色体转阴反应。
2、化疗药物：可以杀死癌细胞或阻止其生长，可以口服或者通过静脉使用。过去使用较多，但随着靶向药的出现，临床上的应用就减少了。目前化疗主要用于靶向治疗耐药后的患者，以及移植前的治疗。在慢性粒细胞白血病治疗中，可用的化疗药物，包括羟基脲、白消安、阿糖胞苷、环磷酰胺、长春新碱等。
二、手术治疗
目前认为异基因造血干细胞移植是唯一可使小儿慢性粒细胞白血病患儿获得治愈的治疗方法，但移植相关死亡率较高，达17%~31%，高危患者更达50%~70%。
三、放射治疗
放疗通过高能射线杀死癌细胞，慢性粒细胞白血病的治疗中，放疗很少应用，主要用来治疗脾肿大的患者。对于侵犯骨引发骨痛的患者，也可通过放疗止痛。