消化不良可以应用的药物有多潘立酮，又称为吗丁啉。能够增加胃肠平滑肌张力及蠕动，使胃排空速度加快，促进食物及肠道气体的排泄，从而消除消化不良的各种症状。用于消化不良、腹胀、嗳气、恶心、呕吐。
胰酶又称为胰酶素，在中性或弱酸性环境中可以促进蛋白质，脂肪及淀粉的消化，可用于消化不良，食欲不振以及肝胰腺疾病引起的消化障碍。补充肠道益生菌，在肠内生成多种消化酶，促进肠道对营养的合成及吸收，促进肠道的正常蠕动，消除腹胀、反酸、嗳气、肠鸣等多种消化不良症状。
胃蛋白酶在胃酸的参与下，使凝固的蛋白质分解，用于消化机能减退引起的消化不良。多酶片由胰酶与蛋白酶组成，用于消化不良，食欲缺乏。
复合消化酶胶囊能促进各种植物纤维素的分解，促进蛋白质、脂肪及碳水化合物的消化吸收，促使肠内气体排除，消除腹部胀满感。中成药的治疗包括山楂、六神曲、麦芽等，用于食欲不振，消化不良。