反流性食管炎常用药物有促胃动力药，促胃动力药不仅可以促进胃的排空，而且增强食管的清空和下端括约肌的压力。新一代促胃动力药对小肠的推进运动也有促进作用，目前常用的是多潘立酮及吗丁啉和莫沙必利。多潘立酮神经中枢副作用较多，而且对小肠运动作用不明显；莫沙必利对全消化道运动都有促进作用，且神经中枢不良反应较少，目前常用，其分散片制剂崩解吸收迅速，效果更好。抑酸药抑制酸的分泌也是重要的一环。目前因为药物在增强防反流机制方面还不够，因此抑制胃酸的分泌选择至关重要。质子泵抑制剂是抑制酸分泌的强有力的武器，常用的有奥美拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑、兰索拉唑。H2受体抑制药物有法莫替丁、雷尼替丁等。保护食管黏膜药保护食管黏膜，使之避免进一步损伤或帮助其修复也不可忽视，常用的药物有硫糖铝和铝碳酸镁制剂。