巧克力囊肿破裂会导致剧烈腹痛，囊液流出，广泛种植于盆腹腔内，造成急性腹膜炎，属于妇科急腹症，需要急诊手术治疗。另外盆腹腔的内膜异位病灶，会随着月经次数增加而逐渐生长，形成多发的巧克力囊肿病灶，患者痛经及性交痛加重，盆腔粘连引起输卵管失去功能，引起不孕或宫外孕，严重影响女性生殖健康及生活质量。故巧克力囊肿应及时治疗，避免发生破裂。