华支睾吸虫病并发症有胆囊炎、胆结石、胰腺炎等。
1、胆囊炎：胆囊炎为最常见的并发症，有疫区居住、旅游史且生食鱼（虾）史的患者，粪检即使没有发现虫卵，也不能排除华支睾吸虫感染导致的胆管炎，通常华支睾吸虫主要寄生在肝内中小胆管或者胆总管，从而引起胆囊发炎。
2、胆结石：华支睾吸虫与胆结石的形成两者有明显的关系，虫卵、死亡的虫体、脱落的胆管上皮细胞，可成为结石的核心或诱发结石形成。
3、胰腺炎：华支睾吸虫成虫阻塞胰管，就会引起胰腺炎。
4、长期成虫寄生可诱发肝胆管癌。