本病的发病确切病因尚且不明，目前认为可能与人乳头瘤病毒感染、雌激素不足、长期或慢性损伤刺激等有关。
阴道恶性肿瘤病因不清楚，可发生于任何年龄，可能与人乳头瘤病毒感染、长期刺激和损伤、免疫抑制质量、吸烟、宫颈放射治疗史、雌激素不足有关。同时继发性阴道恶性肿瘤较原发性阴道恶性肿瘤多见，多来自宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌、直肠癌或膀胱癌等。