因伏格特-小柳-原田综合征病因和发病机制尚未完全阐明，目前仍缺乏病因治疗，鉴于自身免疫性疾病，一般使用免疫抑制剂药物治疗，伏格特-小柳-原田综合征目前使用糖皮质激素治疗8个月左右，其他免疫抑制剂治疗一年左右。
一、药物治疗
1、糖皮质激素药物：如泼尼松，具有抗炎等免疫作用，适用于初发患者，常见副作用包括胃肠道反应、骨质疏松、精神障碍、柯兴征等。
2、环孢素：具有抑制T淋巴细胞，对体液免疫也有抑制作用，适用于反复发作患者。主要毒性是肝、肾、心脏毒性。
3、滴眼液：前葡萄膜炎发作期、反复发作期可以使用糖皮质激素滴眼液、非甾体抗炎药滴眼液治疗。
4、针对肿瘤坏死因子的生物制剂：一种是抗肿瘤坏死因子抗体，如英夫利昔单克隆抗体等，另一种是可溶性肿瘤坏死因子受体，如依那西普等，它们均可以阻断肿瘤坏死因子而发挥抗炎作用和免疫抑制作用。注意其毒副作用，如注射部位的红、肿、痛、痒等，继发感染、骨髓抑制、胃肠道反应、神经系统改变等。
二、手术治疗
伏格特-小柳-原田综合征病患者可以考虑眼部注射糖皮质激素，如曲安奈德，适用于不能全身使用糖皮质激素的患者。
三、中医治疗
中医治疗伏格特-小柳-原田综合征，强调辨证施治，如应用甘露消毒散、封髓丹，泻白散方合治茵陈、黄芩、白蔻仁、石菖蒲、连翘、薄荷、黄柏、砂仁、桑皮、地骨皮、滑石、炙甘草、烫水蛭，可以减轻糖皮质激素引起的毒副作用。