子宫内膜异位症主要治疗方法为手术治疗及药物治疗，不同部位的子宫内膜异位症，以及病人年纪、生育要求等不同，选择方法也不同。
卵巢上的内膜异位异症囊肿，尽量手术治疗，手术后应用药物抑制复发。在生育年纪的患者要先评估怀孕的几率，伴有不孕的患者应尽早手术，近绝经期患者可以考虑药物保守治疗。子宫上的内膜异位症，年轻者尽量早点完成生育，之后可以考虑左炔诺孕酮宫内节育系统或药物治疗，效果不佳者可手术治疗，伴有严重贫血、尿频的患者，则可考虑手术治疗。