沙眼衣原体阳性不难治疗，但应连续用药达到足够的疗程以避免复发。沙眼衣原体可引起沙眼及成人包涵体结膜炎，还可引起尿道炎、附睾炎、宫颈炎及性病淋巴肉芽肿等泌尿生殖系统感染。多种抗菌药物对沙眼衣原体均有良好的抑制作用，如四环素、多西环素、米诺环素等四环素类抗生素，红霉素、螺旋霉素等大环内酯类抗生素，青霉素类、氟喹诺酮类等对沙眼衣原体均有疗效。针对感染沙眼衣原体的具体部位，选用敏感的抗生素，采用局部治疗或全身治疗，大多数衣原体感染都能康复。