门静脉高压症的治疗以对症治疗和药物治疗为主，必要时进行手术治疗。同时饮食上需要注意避免粗糙坚硬及辛辣刺激的食物，劳逸结合，运用血管扩张、收缩药物对症治疗，也可经过门体静脉分流、断流术进行手术治疗。
一、一般治疗
1、休息：肝硬化门脉高压症患者轻者可适度参加一般工作，劳逸结合，以不感到疲劳为宜。病情较重或近期曾有并发症病史者，则应停止工作，保证睡眠及休息时间。
2、对症支持治疗：低蛋白血症患者输注入血白蛋白及新鲜血浆，恶心、呕吐患者给予胃复安止吐及能量合剂等。
3、护肝、退黄、降酶治疗：根据病情可选用促肝细胞生成素、水飞蓟素片、肝得健、茵桅黄、腺苷蛋氨酸、熊去氧胆酸、甘利欣、联苯双酯等药物进行治疗。
4、抗肝纤维化的治疗：可给予干扰素、单胺氧化酶抑制剂、前列腺素等抑制胶原纤维形成，也可给予一些中药制剂如丹参等。
二、病因治疗
病因治疗是降低门脉高压的基础，如酒精性肝硬化患者禁酒、血吸虫肝硬化患者给予吡喹酮的病原治疗、肝炎后肝硬化患者的免疫治疗和抗病毒治疗等。
三、药物治疗
1、血管收缩药物：最常用的有垂体后叶素、生长抑素、奥曲肽和β-肾上腺素能受体阻滞剂。
2、血管扩张药物：常用的有硝酸甘油、消心痛(硝酸异山梨醇酯)等。硝酸甘油禁用于青光眼、低血压、休克、脑出血等患者。
3、其他药物：其他还有利尿剂、食管收缩药等。门静脉高压症常采用不同作用的药物联合用药，既可降低门脉压力，又可减少毒副作用。
四、手术治疗
1、门-体静脉分流术：是将门脉系和腔静脉系连通起来，使压力较高的门脉系血直接分流到腔静脉系去。分流术主要分三大类，其优点是降低门脉压力效果好，复发出血者少，缺点是肝性脑病的发病率高，且在一定程度上可能会加重肝功能损害。
2、门-体静脉断流术：即脾切除，同时手术阻断门奇静脉间的反常血流，以达到防治出血的目的。断流手术中常用的手术方式有六种，其中以贲门周围血管离断术的疗效较好。断流术的优点是手术操作简单，肝功能维持好，肝性脑病发生率低。缺点是术后再出血发病率高。
3、肝脏移植：由于肝移植既消除了门静脉高压症的主要病因肝硬化，又使得术后门静脉高压的病理状态不复存在，属一种根治的手段。不过，肝移植受到供肝来源的限制，肝移植本身存在固有的风险和并发症，移植后免疫排斥及肝炎复发问题尚未很好地解决。因此肝移植不能作为肝硬化门静脉高压症的一线治疗方案，仅能作为传统手术失效的一种补充和挽救。
五、其他治疗
1、腹水：门脉高压症患者出现腹水提示肝功能受损达一定程度，因此其腹水的治疗重点在于纠正和恢复肝功能，其次是控制水钠摄入、促进水钠排出的治疗如输入血白蛋白、血浆、腹腔穿刺放液、给予利尿剂等。
2、食管-胃底静脉曲张破裂出血：门脉高压症患者出现食管-胃底静脉曲张破裂出血后，可以进一步诱发肝性脑病、肝肾综合征等并发症，是门脉高压症患者最主要的致死原因，需紧急处理。除输血、补充血容量和注射止血药等抗休克治疗外，气囊压迫止血及内镜直视下硬化治疗、套扎疗法都能起到较好的疗效。