毛囊瘤治疗目的主要是消除肿瘤，根据肿瘤的类型和大小来选择电凝或激光疗法或手术治疗，治疗周期较短。
一、药物治疗
用五妙水仙膏点治，使其肿物自行脱落而愈。
二、手术治疗
1、局部手术切除：多用于切除单发性毛囊瘤，为首选方法，对多发性毛囊瘤中单个较大损害也可行手术切除。
2、磨削术：对较小皮损可应用磨削术，但易复发，如治疗过深易形成瘢痕。
三、其他治疗
1、电凝或激光疗法：多用于多发性毛囊瘤中较小皮损者，利用激光的热作用让病变组织消失，从而达到治疗毛囊瘤的目的。
2、冷冻：应用液氮作用于局部组织，引起组织细胞变性坏死，达到治疗毛囊瘤的目的。