先天性后尿道瘘的总体治疗为长期持续性治疗，一般治疗周期为3~6个月，控制症状后也需要一年以上的康复期。一般治疗以手术治疗为主，药物治疗以辅助抗感染治疗为主。其他治疗有营养支持等。
一、药物治疗
1、高锰酸钾：主要用处是给孩子坐浴使用，可有效缓解相关的尿道和直肠症状，也可防止发生继发性的感染。
2、土霉素：主要应用于术后的抗感染治疗，避免患者由于手术继发相关的尿路感染等疾病。
3、氧氟沙星：配合土霉素进行抗感染治疗，覆盖的致病菌范围较广，可有效预防患者的术后感染，促进疾病的康复。
4、萆薢分清饮：是典型的改善泌尿系统相关疾病的中成药，可针对本病患者的尿液浑浊等症状进行治疗，有效缓解其排尿困难及浑浊表现。
二、手术治疗
主要包括肠造瘘、耻骨上膀胱造瘘、直肠尿道分离术、经会阴切除瘘管等，部分手术难度较大，需孩子成长到1岁以上方可进行。
1、肠造瘘主要针对于尿道直肠瘘并发肛门闭锁，及时进行肠造瘘手术，必要时可进行膀胱造瘘术，将肠管连接到腹壁，从而使大便或肠液顺利排出。本手术已相当成熟，无其他副作用或后遗症。
2、耻骨上膀胱造瘘，手术步骤为取仰卧位，作耻骨上正中切口，显露膀胱前壁，切开并探查膀胱，之后进行引流和缝合。本手术后患者容易发生瘘管脱出，需格外注意。
3、直肠尿道分离术，主要针对于尿道和直肠瘘口较为严重的患者，可直接解决其相通的问题，本操作也较为成熟，无特殊注意事项。
4、经会阴切除瘘管，主要操作步骤是麻醉后经会阴部位切开，进行瘘管的切除术。由于部位较为特殊，容易并发术后的感染，需及时清理伤口并预防性使用抗生素。
三、其他治疗
主要是术后的康复治疗，包括给予患者科学的营养支持等，也是促进患者疾病康复的重要辅助治疗。