食管念珠菌感染一般需要长期间歇治疗，停用类固醇、抗生素及免疫抑制药物，可以联合使用抗真菌药物，如使用制霉菌素、两性霉素B，如果有食管瘢痕者可以使用手术疗法进行治疗。
一、病因治疗
对于长期服用抗生素和类固醇激素患者造成的念珠菌食管感染者应该及时停用抗生素或者类固醇，纠正患者体内菌群失调现象。
二、药物治疗
1、制霉菌素：制霉菌素具有共轭多烯大环内酯结构，能抑制真菌和皮藓菌的活性，对细菌无抑制作用，不良反应主要为口服后可发生恶心、呕吐、腹泻等。
2、两性霉素B：为多烯类抗真菌药物，念珠菌对其敏感，毒性较大，可有发热、寒战、头痛、食欲不振、恶心、呕吐等反应，肾功能异常者慎用。
3、咪唑类抗真菌的衍生物：通过抑制细胞色素P450依赖酶—14α-羊毛脂醇脱甲基酶(CYP51)阻止真菌细胞膜主要成分麦角甾醇的合成，从而发挥抗真菌作用的一类药物，口服吸收差且不良反应多，所以多为外用药物。
三、手术治疗
1、预后导致的食管瘢痕和食管梗阻可以通过手术进行，食管扩张，防止预后的吞咽困难。
2、一般治疗方法是采用食管扩张术，如扩张失败、狭窄严重者或多段狭窄，可采取食管切除胃或结肠代食管术。