1、免疫功能低下的人群：如艾滋病、肿瘤、血液、严重肝肾功能不全以及接受免疫抑制剂和抗肿瘤药物的患者，而且他们对较多的隐孢子虫虫种易感。
2、部分健康人群：特别是经常和动物接触的农牧民、兽医、挤奶工、为婴幼儿换洗尿布的人以及常和本病患者接触的医护人员感染本病的机会较多。
3、婴幼儿及青少年：感染率明显高于成人，在营养状况和卫生条件较差的地区，儿童感染率较高。托幼机构常易发生本病暴发流行。
4、其他：本病在同性恋者中的发病率明显高于静脉注射药物成瘾的人，吸毒者及有肛交和口交等行为的人多易受染。