肛瘘的治疗方法有很多，大致可以分为内治法、外治法和手术疗法。首先在内治法方面，一般从中医的辨证论治方面来着手，比如吃清热解毒、除湿消肿的中药或中成药，如仙方活命饮等。在抗感染方面，在肛瘘急诊炎症期，为控制炎症的发展，消除临床症状，或在手术前后为预防和治疗术后的感染，可酌情选用抗生素，比如青霉素类和头孢类等，当炎症消退或感染控制即可停用。外治法方面，比如熏洗，可以用消肿止痛汤、苦参汤、五倍子汤，或者1:5000的高锰酸钾溶液坐浴，以清洁肛门。也可以用敷药的方法，比如如意金黄膏、九华膏和黄连膏等，去腐的药物如渴龙奔江丹等，还有生肌收敛的药物如生肌散、皮炎散等。冲洗的方法，将冲洗药物吸入注射器，接上输液针头或者输液用的塑料管，从外口伸入瘘管内冲洗。一般常用的冲洗剂为双氧水和生理盐水，也可以用抗生素的溶液来冲洗瘘管。当然，关于肛瘘的治疗，国内外研究有很多，但是手术治疗是肛瘘根治的唯一方法。