肛瘘手术到底会不会复发，是很多患者最关心的问题。实际上在肛周脓肿，肛瘘手术复发是术后比较常见的并发症之一，它的原因也很复杂。主要原因有下面几点：
第一点，就是内口的处理欠妥，异物的存留，比如术前的异物、骨片、鱼刺等，在术中没有发现并去除。
第二点，就是术中的异物、结扎线、缝合线、棉纱等残留窗口内，为感染的诱因。术后异物的残留，比如换药处理欠妥，缝线引流条残留组织内。
第三个，就是假道形成，或者假愈合、术后护理不当、换药时间间隔过长，以至于创口皮瓣愈合过早，皮下残留感染灶。
第四个，就是特异性的感染，比如骶前囊肿、结核性的肛瘘、克隆氏病，或者骶尾骨炎症，特别是骶前囊肿。结核性肛瘘，常与非特异性肛瘘难以鉴别，所以有也会导致反复不愈或者复发。
第五个，就是肛周脓肿，仅做切开引流术，这也是形成肛瘘和脓肿复发的重要原因。
第六个，就是术后由于患者没有继续进行换药的处理，所以肛瘘手术也有可能会复发。