细菌跟病毒有本质的区别，病毒属于一种非细胞性的生物，它具有蛋白质外壳和遗传物质，而且病毒必须在活细胞内才能生活和繁殖。细菌有细胞核、细胞质、细胞器、细胞膜等，但病毒没有，细胞可以独立的进行繁殖，复制并不需要活细胞体，这是细菌跟病毒的本质区别。
在用药治疗方面，抗细菌的药物和抗病毒的药物不能互相交叉使用，抗细菌药物只对细菌感染管用，抗病毒药物就只对病毒感染管用。