奥美拉唑为临床最常用的质子泵抑制剂，主要作用是通过抑制胃酸的分泌，用于消化性溃疡、反流性食管炎、卓-艾综合征等的治疗。一般建议按疗程服用，不建议长期服用。长期服用会引起不良反应加重，如确实因症状控制不好或者停药后症状反复的，需要长期服用的，要注意中间有停药期。一般来说胃溃疡的疗程通常是4-8周，十二指肠溃疡通常疗程是2-4周。另外，还可以与抗菌药物合用，用于抗幽门螺杆菌的治疗，一般疗程为两周，也可用于非甾体类抗炎药相关的十二指肠溃疡，或糜烂的治疗，一般疗程为四周。
如一个疗程完后效果不佳，可以考虑重复治疗，对于长期接受奥美拉唑治疗，可能会发生萎缩性胃炎，以及导致骨质疏松的风险。接受三个月以上，甚至一年的奥美拉唑治疗的患者，有可能会引起低钾血症、低镁血症。另外，长期使用奥美拉唑，其抑制胃酸的作用可能会带来维生素B12的吸收减少。其常见的副作用还有腹痛、腹泻、恶心、呕吐、腹胀和头痛等，如病情需要而经常反复长期服用奥美拉唑药物的患者，应定期到医院就诊，避免出现严重的不良反应。