结肠炎的治疗主要是口服药物和保留灌肠两种方式治疗，常见口服药物为诺氟沙星、左氧氟沙星、黄连素、肠道益生菌、健脾益肠丸等，治疗周期在4-6周左右，如口服药物治疗不理想可改为保留灌肠治疗，常用药物为蒙脱石散、锡类散、地塞米松、糜蛋白酶、硫酸庆大霉素、中药汤剂等。以14天为一周期，治疗周期后暂停一周后再行第二周期治疗，一般2-3个疗程即可。