儿童分离性焦虑障碍发病原因尚未完全明确，但研究多认为该病具有遗传倾向，同时也和环境的变化和家庭的教养方式有关。
一、主要病因
1、遗传因素：患有该疾病的父母所生的孩子发病的概率明显要高于正常父母所生的孩子，其中女孩的遗传率更高，并且同卵双胞胎同时发病的概率可达半数以上。
2、环境因素：儿童分离性焦虑障碍的出现与环境突变、同依赖对象分离有关，包括一些社会环境恐怖事件的影响，因为失去依靠和安全感，从而产生焦虑和紧张的情绪。
3、家庭因素：家庭的教养方式是父母在抚育、教养孩子的模式和方法，是一种相对稳定的行为风格。调查显示，父母过度保护的养育方式，与儿童分离性焦虑障碍关系最为密切。
二、诱发因素
家庭管理严格：多项研究表明，专制型的养育方式会对儿童成功应对其能力范围内的困难和挑战形成障碍，致使儿童对父母的依赖延长。