肝脓肿是全身的细菌性感染，特别是腹腔内的感染，细菌侵入肝脏。如果病人抵抗力比较弱，一般情况下是最近比较劳累或者糖尿病的病人，即抵抗力比较弱的情况，可以发生肝脓肿。一般是细菌通过胆道、肝动脉或者门静脉进入在肝脏体内，肝毗邻的病灶细菌也可以通过淋巴系统侵入到肝脏里面。
还有开发性肝损伤，细菌可以直接通过伤口进入肝脏。最近收治的病人左肝上有巨大的肝脓肿就是考虑，之前有过高处坠落伤，有异物曾经划伤过剑突下的皮肤、肌肉，导致肝脓肿的出现，这是相对比较常见的细菌性肝囊肿的情况。还有一种叫阿米巴性肝脓肿，阿米巴性肝脓肿相对来说现在已经很少见，是继发于阿米巴痢疾后出现一种脓肿的情况。